研究業績

学術論文

Osanai Y., Shimizu T., Mori T., Yoshimura Y., Hatanaka N., Nambu A., Kimori Y., Koyama S., Kobayashi K., Ikenaka K., Rabies virus-mediated oligodendrocyte labeling reveals a single oligodendrocyte myelinates axons from distinct brain regions, Glia.65(1):93-105 (2017)
Murata K., Hagiwara S., Kimori Y., Kaneko Y., Ultrastructure of compacted DNA in cyanobacteria by high-voltage cryo-electron tomography, Sci. Rep. 2016 6:34934 (2017).
Kimori Y., Hikino K., Nishimura M., Mano S., Quantifying Morphological Features of Actin Cytoskeletal Filaments in Plant Cells Based on Mathematical Morphology, J. Theor. Biol. 389:123-131(2016).
Ohya Y., Kimori Y., Okada H., Ohnuki S., Single-Cell Phenomics in Budding Yeast, Mol. Biol. Cell. 26, 3920-3925 (2015).
Yasuda T., Kimori Y., Nagata K., Igarashi K., Watanabe-Asaka T., Oda S., Mitani H., Irradiation-injured Brain Tissues Can Self-Renew in The Absence of The Pivotal Tumor Suppressor p53 in The Medaka (Oryzias latipes) Embryo, J. Radiat. Res. pii: rrv054 (2015).　
Yamashita I., Teranishi M., Yoshioka M., Murayama T., Kimori Y., Image restoration of confocal microscopy based on deconvolution algorithms for biological structure, Control Conference (ASCC), 2015 10th Asian, 1-6 (2015).
木森義隆, 形状解析のための画像処理：mathematical morphologyに基づく画像コンポーネントの抽出, Cytometry Research, 24, 15-20 (2014).　
Kimori Y., Morphological Image Processing for Quantitative Shape Analysis of Biomedical Structures: Effective Contrast Enhancement, J. Synchrotron Rad., 20, 848-853 (2013).　
Kimori Y., Baba N., Katayama E., Novel Configuration of A Myosin II Transient Intermediate Analogue Revealed by Quick-Freeze Deep-Etch Replica Electron Microscopy, Biochem. J., 450, 23-35 (2013). 　
Yasuda T., Oda S., Li Z., Kimori Y., Kamei Y., Tomoko I., Todo T., Mitani H., Gamma-ray Irradiation Promotes Premature Meiosis of Spontaneously Differentiating Testis-ova in The Testis of p53 Deficient Medaka (Oryzias latipes), Cell Death Dis., 3:e395 (2012).
Kimori Y., Mathematical Morphology-Based Approach to The Enhancement of Morphological Features in Medical Images, J. Clin. Bioinforma., 1:33 (2011). 　
Kimori Y., Katayama E., Morone N., Kodama T., Fractal Dimension Analysis and Mathematical Morphology of Structural Changes in Actin Filaments Imaged by Electron Microscopy, J. Struct. Biol., 176, 1-8 (2011). 　
Chisada S., Okamoto H., Taniguchi Y., Kimori Y., Toyoda A., Sakaki Y., Takeda S., Yoshiura Y., Myostatin-Deficient Medaka Exhibit a Double-Muscling Phenotype with Hyperplasia and Hypertrophy, which Occur Sequentially During Post-Hatch Development, Dev. Biol., 359, 82-94 (2011).
Kimori Y., Baba N., Morone N., Extended Morphological Processing: A Practical Method for Automatic Spot Detection of Biological Markers from Microscopic Images, BMC Bioinformatics, 11:373 (2010). 　
Kimori Y., Oguchi Y., Ichise N., Baba N., Katayama E., A Procedure to Analyze Surface Profiles of The Protein Molecules Visualized by Quick-Freeze Deep-Etch Replica Electron Microscopy, Ultramicroscopy, 107, 25-39 (2007).
Komatsu H., Shinotani N., Kimori Y., Tokuoka J., Kaseda K., Nakagawa H., Kodama T., Aggregation of Partially Unfolded Myosin Subfragment-1 into Spherical Oligomers with Amyloid-Like Dye-Binding Properties, J. Biochem., 139, 989-996 (2006).

総説・解説

木森義隆, 「定量化」時代の生物画像処理, 顕微鏡, 50, (2015).　
大矢禎一, 木森義隆, 出芽酵母で拡がる細胞の画像解析研究, 映像情報メディア学会誌, 67, 765-770 (2013).
木森義隆，諸根信弘，片山栄作, Mathematical morphologyに基づくバイオイメージからの構造情報の抽出と解析., 顕微鏡, 44，41-46 (2009)．
木森義隆，片山栄作., 人間の視覚処理を模した新たな顕微鏡画像処理法, 生物物理，48, 125-130 (2008).

著書

Mano S., Kimori Y., Takeda T., Miwa T., Nishikawa S., Mimura T., Using Image-Based Resources: Databases for Plant Organelle Dynamics, and Applications Based on Image Information, In Introduction to Sequence and Genome Analysis I, (分担執筆，担当:「3 Morphological Image Processing for the Quantitative Analysis of Biological Images」), iConcept Press (2012).
浅野晃，浅野（村木）千恵，木森義隆，棟安実治，延原肇，藤尾光彦, 非線形画像・信号処理モルフォロジの基礎と応用, (分担執筆，担当:「4.2 バイオイメージングへの応用」，「5.2ライブセルイメージング」), 丸善 (2010).

学会・研究集会等での講演

Kimori Y., Biomedical image processing based on mathematical morphology: contrast enhancement, segmentation, and quantitative description, The 1st ABiS Symposium, (岡崎), 2017年2月．
木森義隆, 画像理解のための情報抽出および特徴記述手法に関する検討, 情報アクセシビリティをめぐる諸問題に関する研究集会 (福岡) 2017年2月.
木森義隆, Mathematical morphologyによる生物形態特徴の数値化, 定量生物学の会第8回年会 (岡崎) 2017年1月．
木森義隆, バイオイメージ・インフォマティクスと数理形態学, ABiS連携セミナー＆分子病態医学セミナー (愛媛) 2017年1月．
木森義隆, 生命科学分野における画像情報処理とABiS画像解析支援，ファイブスターアソシエーション・ダイナミックアライアンス・ニコンイメージングセンター　公開シンポジウム　-多様な生命機能の可視化解析と操作技術の展開- (札幌)，2016年12月.
木森義隆, Mathematical morphologyに基づく生物形態情報の抽出と数値化, バイオイメージ・インフォマティクスワークショップ2016 (大阪) 2016年6月．
木森義隆, 数理形態学に基づく画像情報の抽出と定量化, 大阪大学・生命機能数理モデル検討会 (大阪) 2015年11月．
木森義隆, 脳MRI画像における脳構造の自動セグメンテーション手法, バイオイメージ・インフォマティクスワークショップ2015 (福岡) 2015年6月．
木森義隆, Mathematical morphologyを用いた脳領域の自動セグメンテーション手法の開発, 第3回霊長類認知ゲノミクスワークショップ (東京) 2015年3月．
木森義隆, セグメンテーションの基礎原理と実践的方法, 日本顕微鏡学会「SEM連続断面観察による生物組織三次元再構築法研究部会」第二回研究会 (福岡) 2014年11月．
木森義隆, 数理形態学に基づく生物画像情報処理, サイエンス映像学会 (東京) 2014年8月．
木森義隆, コネクトミクスにおける走査型電子顕微鏡画像データ処理：Mathematical Morphologyによる形態特徴の抽出とセグメンテーション, 光操作研究会2014シンポジウム (仙台) 2014年8月．
木森義隆, 形状特徴の数値化を目的とした数理形態学的画像処理法, バイオイメージ・インフォマティクスワークショップ2014 (岡崎) 2014年6月．
Kimori Y., Quantitative Image Processing: Lecture and Practice., 47th Annual Meeting for the Japanese Society of Developmental Biologists, Technical Workshop: Fundamentals of Quantitative Image Analysis (Nagoya) 2014. May.
木森義隆, 形態特徴の抽出と数値化, 第8回NIBBバイオイメージングフォーラム (岡崎) 2014 年3月．
木森義隆, Mathematical morphology に基づく医用画像処理：構造特性の顕著化, 第36回日本分子生物学会年会 (神戸) 2013年12月．
木森義隆, 数理形態学に基づく画像処理., 未来エネルギー研究協会第13回サマースクール (岐阜) 2013年8月．
木森義隆, 生物医学画像における形態情報の形式知化：Mathematical Morphologyによる画像処理, 第23回日本サイトメトリー学会学術集会 (東京) 2013年6月．
Kimori Y., Morphological image processing for quantitative shape analysis of biomedical structures, 4th International Symposium on Diffraction Structural Biology Symposium (Nagoya) 2013 May.　
木森義隆, Mathematical morphologyに基づく生物医学画像からの形態情報の抽出および定量化手法, バイオイメージ・インフォマティクスワークショップ2012 (神戸) 2012年11月．
木森義隆, 医用画像処理に適したモルフォロジカルフィルタの開発：ディジタルマンモグラフィ画像における形態情報の強調およびセグメンテーション, 医用画像情報学会 (仙台)　2012年10月．
木森義隆, モルフォロジフィルタを用いた生物形態情報の抽出, 画像処理と生物学の分野融合を目指したワークショップ2012 (仙台) 2012年6月．
木森義隆, 生物形態情報の定量化を可能にするモルフォロジカルフィルタの開発, 画像科学シンポジウム・第6回NIBBバイオイメージングフォーラム合同集会　(岡崎)　2012年3月.
木森義隆, Mathematical morphologyに基づく画像情報の記述と解析, 画像計測研究会 (土岐) 2011年9月．
木森義隆, トモグラフィのための画像処理の実際：特徴抽出とセグメンテーション, マテリアル電子線トモグラフィ研究部会 (東京) 2010年11月．
木森義隆，諸根信弘, 細胞膜につくられたコンパートメント構造：トモグラフィと画像認識技術による可視化, 日本顕微鏡学会第65回学術講演会 (仙台) 2009年5月．
木森義隆，湯浅茂樹，諸根信弘, 数理形態学に基づいた新しい画像処理理論：細胞内タンパク質の定量分布解析へ, 日本顕微鏡学会第65回学術講演会 (仙台) 2009年5月.
木森義隆，諸根信弘，児玉孝雄, アクトミオシンATP加水分解サイクルにおける水和変化 1：ミオシンATP結合ポケットの水, 生体運動研究合同班会議 (東京) 2009年1月.
木森義隆，児玉孝雄，片山栄作, フラクタル解析によるアクチンフィラメントの構造ゆらぎの定量的評価, 46回日本生物物理学会年会, (福岡) 2008年12月.
木森義隆, マルチスケール生体画像に対応するモルフォロジカル画像処理, 画像の認識・理解シンポジウム (MIRU2007) サテライトワークショップ「学問分野の枠を超えるマセマティカル・モルフォロジ」 (広島) 2007年7月．
木森義隆, データに隠された情報を効果的に発掘するモルフォロジフィルタの基礎と応用, (株)日立ハイテクノロジーズ依頼講演 (ひたちなか) 2007年6月．
木森義隆，馬場則男，片山栄作, フリーズレプリカ画像中の蛋白質粒子の構造解析法：機能中のアクトミオシンへの応用, 日本顕微鏡学会第63回学術講演会 (新潟) 2007年5月.
木森義隆, モルフォロジ処理に基づく蛋白質の構造解析, 電子情報通信学会総合大会 (名古屋) 2007年3月．
木森義隆，馬場則男，片山栄作, フリーズレプリカ法で捉えた滑り運動中のミオシン分子の構造解析, 生体運動研究合同班会議 (金沢) 2007年1月.

競争的研究資金

科学研究費補助金: 基盤研究(C), 生体組織画像における高精度な細胞領域セグメンテーション手法の開発, 研究期間: 2016年度-2018年度（代表）
新学術領域（研究領域提案型）「学術研究支援基盤形成」，先端バイオイメージング支援プラットフォーム，期間：2016年度-2021年度（分担）
自然科学研究機構: 若手研究者による分野間連携研究プロジェクト, 脳とこころの個性・多様性の解明を目指した実験的認知ゲノミクス研究の展開, 研究期間：2014年（分担）
科学研究費補助金: 若手研究(B), 視認性の低い形態情報の顕著化：マンモグラフィ画像における病変領域の検出, 研究期間: 2013年度-2014年度（代表）
自然科学研究機構: 若手研究者による分野間連携研究プロジェクト, 数理形態学的手法を用いた細胞運動の定量解析および4D可視化, 研究期間: 2011年（代表）